PCR 扩增或限制性消化后，DNA 必须在下游应用之前去除酶、引物、核苷酸、盐和缓冲液组分。两种相关方法涵盖了大多数纯化需求。

PCR 纯化

PCR 纯化去除扩增反应中的引物、dNTP、聚合酶和盐。大多数商业试剂盒使用离心柱中的硅胶膜：在高浓度离液盐存在下 DNA 结合到膜上，污染物通过，DNA 在低盐缓冲液中洗脱。

典型操作：将结合缓冲液直接加入 PCR 反应中，上柱，离心，用乙醇基洗涤缓冲液洗涤，再次离心，在 20–50 µL 中洗脱。回收率通常为 60–90%。

PCR 纯化快速（5–10 分钟），适用于 >100 bp 的片段。它不能去除引物二聚体或大小相似的非特异性产物——只能去除通过柱子的过量引物和小片段。

凝胶回收

凝胶回收从琼脂糖凝胶中分离特定的 DNA 条带，去除所有其他 DNA 片段，包括引物二聚体和错误引发的产物。在紫外光下用洁净手术刀切下目标条带，在 50–60 °C 的离液盐溶液中溶解琼脂糖。然后将熔化的琼脂糖通过硅胶离心柱进行纯化。

关键考虑因素：

• 尽量减少紫外光暴露时间以防止 DNA 损伤（如可能，使用 365 nm 紫外光代替 302 nm）。
• 尽可能靠近条带切割以最小化琼脂糖体积。
• 溶解步骤需要足够的缓冲液——通常每体积凝胶需要 3 体积缓冲液。
• 大于 10 kb 的片段回收率降低；在室温而非柱上孵育溶解的凝胶可改善大片段回收。

通过沉淀进行 DNA 纯化

乙醇沉淀是一种无需试剂盒的传统替代方法。加入 0.1 体积的 3 M 乙酸钠（pH 5.2）和 2.5 体积的冷 100% 乙醇，在 −20 °C 或 −80 °C 孵育，以最大速度离心 15–30 分钟，用 70% 乙醇洗涤，风干，重悬。该方法适用于任何片段大小，但耗时较长，且去除 dNTP 的效率不如硅胶柱。

质量控制

纯化后，测量 A₂₆₀/A₂₈₀ 比值以检查纯度（理想为 1.8–2.0）。在凝胶上运行等分试样以确认条带完整且大小正确。对于克隆，洗脱缓冲液应与下游酶兼容——用水或 10 mM Tris 洗脱（如果后续进行连接则不要用 EDTA）。