危害分析是 HACCP 的首要也是最关键的原则。它涉及系统评估所有成分、工艺步骤和处理程序，以识别如果不加以控制可能导致疾病或伤害的潜在危险。 HACCP 团队必须考虑产品的性质、加工方法、储存条件和目标消费者，识别所有合理可预见的危害。彻底的危害分析构成了所有后续 HACCP 决策的基础。

生物危害包括沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠杆菌O157:H7、弯曲杆菌等致病菌；病毒，例如诺如病毒和甲型肝炎；寄生虫，包括旋毛虫和弓形虫；和与牛海绵状脑病相关的朊病毒。生物危害往往是最值得关注的问题，因为它们能够在有利的条件下繁殖。危害分析必须考虑营养病原体、肉毒杆菌和蜡状芽孢杆菌等孢子形成体以及金黄色葡萄球菌等毒素产生者。

化学危害涵盖多种物质。天然存在的化学物质包括霉菌产生的霉菌毒素、鲭鱼中的组胺以及某些植物中的氰苷。有意添加的化学物质包括超出允许含量的食品添加剂，而无意添加的化学物质包括清洁消毒剂、农药残留、重金属（铅、镉、汞、砷）以及包装材料中的迁移物质。过敏原被归类为化学危害，由于敏感个体反应的严重性，需要特别注意。

物理危害包括食用时可能造成伤害的异物。常见的物理危害包括破碎容器产生的玻璃碎片、加工设备产生的金属碎片、机械部件产生的硬塑料、农业原料产生的石头和坑、肉类和家禽产品中的骨头碎片以及昆虫碎片或其他污物。对每个已识别危害的评估涉及评估潜在不利健康影响的严重性及其发生的可能性，通常使用风险矩阵方法。流程图是进行彻底危害分析的重要工具，决策树可以帮助确定已识别的危害是否重大。危害分析是HACCP 计划 的基础。化学危害包括农药和重金属等化学污染物，而玻璃和金属等物理污染物则需要检测技术。