医学真菌学关注人类真菌感染。酵母菌是通过出芽繁殖的单细胞真菌。最具临床意义的酵母菌属于念珠菌属和隐球菌属。随着免疫低下患者群体的增长，侵袭性酵母菌感染的发病率急剧上升。

念珠菌属是胃肠道、皮肤和粘膜的共生菌。白色念珠菌是最常见的致病种，但非白色念珠菌种包括光滑念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌和克柔念珠菌日益重要。念珠菌病范围从浅表粘膜皮肤感染（鹅口疮、外阴阴道念珠菌病）到侵袭性念珠菌血症并播散至深部器官。易感因素包括抗生素使用、免疫抑制、留置导管和糖尿病。

念珠菌病的实验室诊断包括临床标本的直接显微镜检查（显示带有假菌丝的芽殖酵母细胞）、在沙保弱葡萄糖琼脂上培养，以及通过芽管试验（白色念珠菌为阳性）、显色琼脂或MALDI-TOF MS进行鉴定。肉汤微量稀释法抗真菌药敏试验指导治疗选择。

新型隐球菌和格特隐球菌引起隐球菌病。新型隐球菌是HIV/AIDS患者的主要机会致病菌，引起脑膜脑炎。该真菌具有多糖荚膜，是其主要的毒力因子。诊断使用脑脊液标本的印度墨汁染色观察带荚膜的酵母细胞、乳胶凝集或侧流试验抗原检测以及培养。治疗采用两性霉素B联合氟胞嘧啶进行诱导治疗，随后用氟康唑维持治疗。

抗真菌耐药性日益受到关注。念珠菌属中的唑类耐药，特别是光滑念珠菌和耳念珠菌，限制了治疗选择。棘白菌素类耐药正在出现。药敏试验对于指导侵袭性感染的治疗至关重要。