霉菌毒素是丝状真菌产生的有毒次生代谢物，污染了全世界的食品和饲料。主要产生霉菌毒素的属是曲霉属、青霉属和镰刀菌属。霉菌毒素化学性质稳定，可以在烹饪、烘焙和挤压等食品加工操作中幸存下来。长期接触低水平的霉菌毒素与致癌、肾毒性、肝毒性、免疫毒性和雌激素作用有关。全球农产品贸易需要统一的监管限制和可靠的测试方法。

黄曲霉毒素主要由黄曲霉和寄生曲霉产生，是最强效的天然致癌物之一。黄曲霉毒素 B1 被 IARC 列为 1 类人类致癌物。四种主要的黄曲霉毒素是 B1、B2、G1 和 G2，其中 B1 毒性最强且普遍存在。当奶牛食用被黄曲霉毒素B1污染的饲料时，它会被代谢并以黄曲霉毒素M1的形式排泄到牛奶中，这也受到监管。黄曲霉毒素会污染玉米、花生、坚果、棉籽和香料，特别是在收获前和储存期间的炎热和潮湿条件下。

赭曲霉毒素 A 由疣状青霉和几种曲霉菌产生，污染谷物、咖啡、干果、葡萄酒和啤酒。它具有肾毒性，被列为可能的人类致癌物（2B 类）。伏马菌素主要由轮枝镰刀菌产生，会污染玉米和玉米制品，并与食道癌和神经管缺陷有关。脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON，呕吐毒素）由禾谷镰刀菌产生，可引起动物胃肠炎和拒食。棒曲霉素由扩展青霉产生，存在于苹果和苹果产品中。玉米赤霉烯酮具有雌激素作用并导致牲畜生殖障碍。

霉菌毒素的监管限值因国家和商品而异。欧盟有一些最严格的限制：谷物中的黄曲霉毒素 B1 为 2 µg/kg，黄曲霉毒素总量为 4 µg/kg，牛奶中的黄曲霉毒素 M1 为 0.05 µg/kg。检测方法包括黄曲霉毒素和赭曲霉毒素 A 的 HPLC 荧光检测 (HPLC-FLD)、用于多种霉菌毒素分析的 LC-MS/MS 以及用于快速筛查的 ELISA。预防策略强调良好的农业实践、适当干燥谷物至水分含量低于 14%、控制储存条件以及使用抗霉菌作物品种。产生霉菌毒素的霉菌与酵母和霉菌腐败生物有关，尽管某些霉菌在霉菌发酵中得到了有益的利用。霉菌毒素在食品安全管理中被归类为化学污染物。