ISAPP 共识小组于 2017 年更新了益生元的定义，益生元被定义为“被宿主微生物选择性利用并赋予健康益处的底物”。最初的 Gibson-Roberfroid 定义要求在结肠中选择性发酵，刺激双歧杆菌和乳酸菌生长，并抵抗胃酸和酶消化。更新后的定义扩大了范围，包括非碳水化合物物质和肠外目标。公认的益生元包括菊粉、低聚果糖 (FOS)、低聚半乳糖 (GOS)、乳果糖和抗性淀粉。

菊粉和低聚果糖是基于果糖的低聚糖和多糖，天然存在于菊苣根、菊芋、洋葱、大蒜和香蕉中。它们在小肠中抵抗消化，并在结肠中被双歧杆菌和其他糖分解细菌发酵。 GOS 是通过 β-半乳糖苷酶转半乳糖基化作用从乳糖中产生的，被添加到婴儿配方奶粉中以模仿人乳低聚糖 (HMO) 的双歧杆菌作用。抗性淀粉逃脱小肠消化并进行结肠发酵，产生具有高丁酸盐比例的独特 SCFA 谱，这有益于结肠细胞健康。

合生元是益生菌和益生元相结合的制剂，旨在提高益生菌的存活和定殖，同时选择性地刺激其生长。合生元产品可以是互补的（选择独立的益生菌和益生元以获得独立的有益效果）或协同的（专门选择益生元来增强目标益生菌菌株）。例子包括鼠李糖乳杆菌 GG 与菊粉，或乳双歧杆菌 BB-12 与果糖。有证据支持合生元的使用可以减少术后感染、改善肠易激综合征症状和增强矿物质吸收。

益生元和合生元的健康影响包括改善钙和镁的吸收（菊粉型果聚糖）、调节免疫功能、降低结直肠癌的风险（丁酸盐介导）、改善血脂状况以及增强饱腹感和体重管理。益生元指数量化了底物刺激有益细菌而非潜在有害细菌的能力。益生元的分析方法包括 FOS 和 GOS 的 HPLC-RI、菊粉的酶试剂盒以及膳食纤维的 AOAC 方法。监管状况各不相同：低聚果糖和菊粉在美国通常被认为是安全的 (GRAS)，并且在某些司法管辖区已获得批准的健康声明。益生元选择性刺激益生菌 和有益肠道细菌。常见的益生元纤维被归类为碳水化合物。合生元产品将益生元与发酵剂 或益生菌结合在一起。