Mikrobiologi klinis adalah cabang kedokteran laboratorium yang berfokus pada diagnosis penyakit menular. Hal ini mencakup pengumpulan dan pengangkutan spesimen, isolasi dan identifikasi patogen, pengujian kerentanan antimikroba, dan komunikasi hasil untuk memandu manajemen pasien.
Pengumpulan dan Pengangkutan Spesimen
Untuk kultur darah, 20-30 mL darah dikumpulkan secara aseptik dan diinokulasi ke dalam botol kultur aerobik dan anaerobik, dengan dua hingga tiga set dari lokasi pungsi vena terpisah untuk meningkatkan hasil. Spesimen urin dikumpulkan melalui midstream clean-catch, kateterisasi, atau aspirasi suprapubik dan harus dikultur dalam waktu 2 jam atau didinginkan hingga 24 jam. Spesimen pernapasan meliputi sputum (kualitas dinilai dengan pewarnaan Gram untuk sel epitel skuamosa dan neutrofil), bronchoalveolar lavage (BAL), pencucian bronkus, dan cairan pleura. Untuk spesimen luka dan jaringan, aspirasi lebih disukai daripada usapan, dan biopsi jaringan diproses untuk histopatologi dan kultur. CSF dikumpulkan melalui pungsi lumbal dan segera dibawa ke laboratorium untuk pewarnaan Gram, kultur, jumlah sel, glukosa, dan analisis protein. Spesimen tinja digunakan untuk kultur patogen enterik, pengujian toksin C. difficile, atau pemeriksaan sel telur dan parasit, dan panel molekuler (panel GI) dapat mendeteksi beberapa patogen secara bersamaan.
Pewarnaan Gram dan Pemeriksaan Langsung
Pewarnaan Gram adalah tes diagnostik cepat yang paling penting, yang memberikan klasifikasi awal (morfologi Gram-positif vs. Gram-negatif) dalam hitungan menit. Pewarnaan tahan asam (Ziehl-Neelsen, auramine-rhodamine) mendeteksi mikobakteri, dan pewarnaan tahan asam yang dimodifikasi digunakan untuk Nocardia dan Cryptosporidium. Sediaan calcofluor white dan potassium hydroxide (KOH) mendeteksi unsur jamur dalam spesimen klinis. Tes deteksi antigen meliputi antigen kriptokokus (CSF/serum), antigen urin Legionella, antigen urin pneumokokus, dan antigen Histoplasma.
Budaya dan Identifikasi
Media rutin meliputi agar darah (organisme rewel), agar MacConkey (bakteri enterik Gram-negatif), agar coklat (Neisseria, Haemophilus), dan media selektif untuk patogen tertentu. Kondisi inkubasi bervariasi: 35-37°C di udara sekitar untuk sebagian besar bakteri, 5% CO2 untuk kapnofil, kondisi anaerobik untuk Clostridium dan Bacteroides, dan suhu spesifik untuk mikobakteri (37°C) dan jamur (25-30°C). Metode identifikasi meliputi morfologi koloni, pewarnaan Gram, uji biokimia (katalase, koagulase, oksidase, strip API), sistem otomatis (Vitek 2, Phoenix, MALDI-TOF MS), dan metode molekuler (pengurutan 16S rRNA, PCR). MALDI-TOF MS (Desorpsi Laser Berbantuan Matriks/Waktu Penerbangan Ionisasi) menyediakan identifikasi tingkat spesies yang cepat (dalam hitungan menit) berdasarkan profil spektral protein.
Kelompok Patogen Khusus
Mycobacteria seperti M. tuberkulosis memerlukan fasilitas BSL-3 dan inkubasi yang berkepanjangan (2-6 minggu), dengan tes amplifikasi asam nukleat (NAAT) dan tes pelepasan interferon-gamma (IGRA) untuk membantu diagnosis. Anaerob termasuk Bacteroides, Clostridium, Peptostreptococcus, dan Fusobacterium memerlukan transportasi bebas oksigen dan sistem kultur khusus (ruang anaerobik, GasPak). Organisme yang berbahaya seperti Neisseria gonorrhoeae, Haemophilus influenzae, Legionella pneumophila, dan Streptococcus pneumoniae memerlukan media yang diperkaya dan kondisi atmosfer yang spesifik. Jamur antara lain khamir (Candida, Cryptococcus) yang mudah tumbuh pada media rutin, kapang (Aspergillus, Fusarium) yang memerlukan inkubasi lebih lama, dan jamur dimorfik (Histoplasma, Coccidioides) yang merupakan patogen BSL-3.
Uji Kerentanan Antimikroba
AST dilakukan pada isolat yang signifikan secara klinis menggunakan difusi cakram, mikrodilusi kaldu, difusi gradien (Etest), atau sistem otomatis. Hasil diinterpretasikan menggunakan breakpoint CLSI atau EUCAST sebagai Susceptible (S), Intermediate (I), atau Resistance (R). Skrining mekanisme resistensi meliputi ESBL, karbapenemase (KPC, NDM, OXA), MRSA (cefoxitin screen, mecA/PBP2a), VRE (vanA/vanB), dan inducible clindamycin resistance (D-test).
Pelaporan dan Mutu Laboratorium
Pelaporan nilai kritis berarti kultur darah positif, pewarnaan CSF Gram, dan deteksi patogen tertentu segera dipanggil ke dokter. Laporan awal memberikan hasil pewarnaan Gram dalam waktu 1 jam, sedangkan hasil akhir kultur dan kerentanan biasanya memerlukan waktu 48-72 jam. Pengendalian mutu melibatkan pengujian kemahiran rutin, pengendalian mutu internal untuk setiap pengujian, dan kepatuhan terhadap standar CLSI atau ISO 15189. Sistem informasi laboratorium (LIS) memfasilitasi pelaporan hasil, peringatan penatagunaan antimikroba, dan pembuatan antibiogram kumulatif.
