Deteksi dan kuantifikasi organisme hasil rekayasa genetika (GMO) dalam pangan dan pakan sangat penting untuk kepatuhan terhadap peraturan, penegakan pelabelan, dan persyaratan ketertelusuran. Metode analisis harus mampu mendeteksi materi GM tingkat rendah, membedakan antara peristiwa yang diizinkan dan tidak sah, dan memberikan kuantifikasi yang akurat. Kompleksitas matriks makanan, degradasi DNA yang disebabkan oleh pemrosesan, dan keragaman kejadian rekayasa genetik menimbulkan tantangan analitis yang signifikan. Validasi metode melalui studi antar laboratorium diperlukan untuk penerimaan peraturan.
Metode berbasis DNA adalah pendekatan yang paling banyak digunakan untuk mendeteksi GMO. PCR konvensional menargetkan rangkaian DNA spesifik yang unik pada peristiwa GM dan memberikan hasil kualitatif ada atau tidaknya. PCR waktu nyata (qPCR) menggunakan probe fluoresen memungkinkan kuantifikasi akurat dengan mengukur amplifikasi secara waktu nyata terhadap kurva standar. PCR digital (dPCR) memberikan kuantifikasi absolut tanpa memerlukan kurva standar dengan mempartisi sampel menjadi ribuan reaksi individual. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP) menawarkan deteksi yang cepat dan dapat diterapkan di lapangan tanpa memerlukan peralatan siklus termal.
Metode berbasis protein mendeteksi protein baru yang diekspresikan oleh peristiwa GM. Uji imunosorben terkait-enzim (ELISA) memberikan hasil kuantitatif di laboratorium menggunakan antibodi spesifik terhadap protein transgenik. Strip aliran lateral (immunostrip) menawarkan penyaringan kualitatif di tempat yang cepat dan banyak digunakan untuk pemeriksaan biji-bijian di titik penerimaan dan selama pengangkutan komoditas. Metode ini paling efektif untuk komoditas pertanian mentah yang protein targetnya masih utuh, namun sensitivitasnya menurun secara signifikan pada makanan olahan yang proteinnya mengalami denaturasi atau degradasi.
Bahan referensi sangat penting untuk validasi dan kuantifikasi metode. Bahan referensi bersertifikat (CRM) dengan konsentrasi GM bersertifikat diproduksi oleh lembaga seperti Institut Bahan Referensi dan Pengukuran (IRMM) di UE. Ini digunakan untuk mengkalibrasi metode analitik, memverifikasi keakuratan pengukuran, dan menetapkan batas deteksi (LOD) dan kuantifikasi (LOQ). Strategi pendeteksian mencakup skrining untuk elemen genetik yang umum (misalnya, promotor CaMV 35S, terminator NOS), deteksi spesifik konstruk yang menargetkan persimpangan antar elemen, dan deteksi spesifik peristiwa yang menargetkan persimpangan unik DNA tanaman di lokasi integrasi. Deteksi GMO penting untuk kepatuhan terhadap pelabelan dan regulasi. Metode mendukung penilaian keamanan dengan mengonfirmasi ada atau tidaknya modifikasi genetik tertentu pada makanan transgenik.
