贝叶斯系统发育学使用马尔可夫链蒙特卡罗采样来估计树拓扑和参数的后验概率。
最大似然系统发育学在序列进化的概率模型下评估树拓扑，以找到最受支持的树。
分子钟假说使用序列分歧率来估计物种形成和进化事件的时间。
系统发育树构建使用序列数据来推断物种或基因之间的进化关系。
系统基因组学使用全基因组数据以更高的分辨率和准确性重建进化关系。
质谱数据分析处理原始光谱，通过数据库搜索和从头测序来识别肽和蛋白质。
磷酸化蛋白质组学可识别和量化磷酸化位点以研究细胞信号传导途径。
蛋白质鉴定使用肽质量指纹和串联质谱将样品与蛋白质序列数据库进行匹配。
蛋白质-蛋白质相互作用网络绘制蛋白质之间的物理接触图，以了解细胞功能和疾病机制。
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