染色赋予半透明组织切片对比度，从而可以在明场显微镜下区分细胞和细胞外成分。组织病理学中的标准染色剂是苏木精和伊红 (H&E)，但还有数十种专门的染色剂可突出显示特定结构、微生物和化学物质。

苏木精和曙红 (H&E)

H&E 是组织病理学的主力染色剂，几乎用于每个常规处理的切片。苏木精是一种碱性染料，可结合酸性结构（细胞核、核糖体、粗面内质网）并将其染成蓝紫色（嗜碱性）。曙红是一种酸性染料，可结合基本结构（细胞质蛋白、胶原蛋白、红细胞）并将其染成粉红色（嗜酸性）。

充分染色的 H&E 切片显示清晰的核细节，具有开放或浓缩的染色质、可见的核仁和明确的核膜。细胞质应表现出适当的着色品质，胰腺腺泡细胞因酶原颗粒而呈颗粒状，肌肉细胞呈嗜酸性和纤维状，软骨基质呈玻璃状和嗜碱性。过度染色（浑浊的细胞核）、染色不足（苍白的细胞核）或染色不均匀等伪影表明染色过程中存在问题或组织处理不良。

结缔组织特殊染色剂

马森三色 将胶原蛋白染成蓝色或绿色，将肌肉和细胞质染成红色，将细胞核染成黑色。它用于评估肝病、肌肉营养不良和心肌疤痕中的纤维化。

Verhoeff-van Gieson (VVG) 将弹性纤维染色为黑色、胶原蛋白红色和肌肉黄色。它对于评估血管疾病和弹性纤维疾病至关重要。

网状蛋白染色（银浸渍）将 III 型胶原蛋白（网状蛋白纤维）染成黑色。它突出了器官的结构框架，对于诊断骨髓疾病和肝脏疾病至关重要。

高碘酸希夫 (PAS) 将糖原、糖蛋白和真菌细胞壁染色为洋红色。它用于识别真菌、诊断糖原贮积病以及在肾活检中突出显示基底膜。 PAS 与淀粉酶 (PAS-D) 消化可将糖原（被淀粉酶去除）与其他 PAS 阳性物质区分开来。

微生物染色

革兰氏染色（组织适应）可区分组织切片中的革兰氏阳性（紫色）细菌和革兰氏阴性（粉色）细菌。与微生物学中使用的细菌革兰氏染色技术 不同，组织革兰氏染色适用于石蜡切片。

Ziehl-Neelsen 将抗酸杆菌（结核分枝杆菌）染成亮红色，与蓝色或绿色复染剂形成对比。

格罗科特乌洛托品银 (GMS) 将真菌细胞壁染成黑色，是检测组织中真菌最敏感的染色剂。

Warthin-Starry 将螺旋体和幽门螺杆菌在浅黄色背景上染色为黑色。

细胞质颗粒和内含物染色

吉姆萨染色用于骨髓环钻活检以评估造血细胞，并可以检测幽门螺杆菌、肥大细胞和某些寄生虫。

Luxol Fast Blue (LFB) 将髓磷脂染色为蓝绿色，用于神经病理学中评估脱髓鞘疾病。

刚果红 在明场照明下将淀粉样沉积物染成鲑鱼粉色，并在偏振光下显示苹果绿双折射，这是淀粉样变性的诊断标准。

组织化学和酶组织化学

组织化学利用化学反应来定位组织切片中的特定物质。 Perls 普鲁士蓝 检测呈蓝色沉淀的三价铁（含铁血黄素），用于诊断铁超负荷疾病。 Von Kossa 染色 可检测软组织中的钙沉积物（黑色或棕色）。 油红 O（在冰冻切片上）将中性脂质染色为橙红色。

酶组织化学可原位检测酶活性。例子包括碱性磷酸酶（骨和肝）、酸性磷酸酶（前列腺）和非特异性酯酶（巨噬细胞）。这些技术需要新鲜或冷冻的组织，因为固定会使酶失活。

免疫组织化学

免疫组织化学 (IHC) 使用与酶（辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶）缀合的抗体来检测组织切片中的特定抗原。该反应可通过 DAB（棕色）或固红（红色）等显色剂进行可视化。由于其卓越的特异性，IHC 已在很大程度上取代了许多特殊染色和酶组织化学技术。它对于肿瘤分类（角蛋白、CD标记物）、传染病诊断和预测性生物标记物检测（HER2、PD-L1、错配修复蛋白）是不可或缺的。