染色为半透明的组织切片提供对比度，使细胞和细胞外成分能够在明视野显微镜下区分。组织病理学中的标准染色是苏木精和伊红（H&E），但有数十种特殊染色可用于突出显示特定结构、微生物和化学物质。

苏木精和伊红（H&E）

H&E是组织病理学的主力染色，几乎用于所有常规处理的切片。苏木精是一种碱性染料，结合酸性结构（细胞核、核糖体、粗面内质网）并将其染成蓝紫色（嗜碱性）。伊红是一种酸性染料，结合碱性结构（胞质蛋白、胶原、红细胞）并将其染成粉红色（嗜酸性）。

染色良好的H&E切片显示清晰的核细节，具有开放或浓缩的染色质、可见的核仁和清晰的核膜。胞质应显示适当的着色性质——胰腺腺泡细胞由于酶原颗粒而呈颗粒状，肌细胞呈嗜酸性和纤维状，软骨基质呈玻璃样和嗜碱性。过染（浑浊的核）、欠染（苍白的核）或不均匀染色等伪影表明染色过程存在问题或组织处理不良。

结缔组织特殊染色

Masson三色将胶原染成蓝色或绿色，肌肉和胞质染成红色，细胞核染成黑色。用于评估肝病中的纤维化、肌营养不良症和心肌瘢痕形成。

**Verhoeff-van Gieson（VVG）**将弹性纤维染成黑色，胶原染成红色，肌肉染成黄色。对评估血管疾病和弹性纤维疾病至关重要。

网状纤维染色（银浸渍）将III型胶原（网状纤维）染成黑色。它突出显示器官的结构框架，对诊断骨髓疾病和肝病至关重要。

**过碘酸-Schiff（PAS）**将糖原、糖蛋白和真菌细胞壁染成品红色。用于识别真菌、诊断糖原贮积症以及突出显示肾活检中的基底膜。PAS加淀粉酶（PAS-D）消化可区分糖原（被淀粉酶去除）和其他PAS阳性物质。

微生物染色

革兰染色（组织改良）区分组织切片中的革兰阳性（紫色）和革兰阴性（粉色）细菌。与微生物学中使用的细菌革兰染色技术不同，组织革兰染色适用于石蜡切片。

Ziehl-Neelsen将抗酸杆菌（结核分枝杆菌）染成亮红色，背景为蓝色或绿色复染。

**Grocott六胺银（GMS）**将真菌细胞壁染成黑色，是检测组织中真菌最敏感的染色。

Warthin-Starry将螺旋体和幽门螺杆菌染成黑色，背景为浅黄色。

胞质颗粒和包涵体染色

Giemsa染色用于骨髓环钻活检以评估造血细胞，并可检测幽门螺杆菌、肥大细胞和某些寄生虫。

**Luxol Fast Blue（LFB）**将髓鞘染成蓝绿色，用于神经病理学评估脱髓鞘疾病。

刚果红在明视野下将淀粉样蛋白沉积物染成鲑鱼粉色，在偏振光下显示苹果绿色双折射——淀粉样变性的诊断标准。

组织化学和酶组织化学

组织化学使用化学反应定位组织切片中的特定物质。Perls普鲁士蓝将三价铁（含铁血黄素）检测为蓝色沉淀——用于诊断铁过载疾病。Von Kossa染色检测软组织中的钙沉积物（黑色或棕色）。Oil Red O（冰冻切片）将中性脂质染成橙红色。

酶组织化学在原位检测酶活性。例子包括碱性磷酸酶（骨和肝脏）、酸性磷酸酶（前列腺）和非特异性酯酶（巨噬细胞）。这些技术需要新鲜或冷冻组织，因为固定会灭活酶。

免疫组织化学

免疫组织化学（IHC）使用与酶（辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶）偶联的抗体来检测组织切片中的特定抗原。反应用DAB（棕色）或Fast Red（红色）等色原可视化。由于其卓越的特异性，IHC已基本取代了许多特殊染色和酶组织化学技术。它在肿瘤分类（角蛋白、CD标志物）、感染性疾病诊断和预测性生物标志物检测（HER2、PD-L1、错配修复蛋白）中不可或缺。