包埋是将处理后的组织以正确的方向呈现以进行切片的步骤。生物样本库可确保剩余的组织、块和载玻片在几十年内保持其诊断和研究价值的条件下保存。
嵌入过程
包埋将渗透的组织转化为可夹在切片机卡盘中的固体石蜡块。该过程使用包埋中心 - 一个带有熔融石蜡分配器的加热平台（60-65°C）、用于快速凝固的冷板（-5至-10°C）以及加热至与石蜡相同温度的镊子。
步骤：将熔化的石蜡填充到适当尺寸的金属模具（基模）中。使用加热的镊子将组织切片从盒转移到石蜡中。组织被定向，使待切片的表面朝下（模具的底部成为切割表面）。将贴有标签的组织盒放置在模具顶部，并分配额外的石蜡以填充盒。将模具放置在冷板上； 2-3 分钟内开始凝固。完全硬化后（5-10 分钟），将块从模具中取出。
按组织类型划分的方向
正确的方向可以最大限度地提高诊断信息。 皮肤切除： 嵌入边缘以在单个切片中显示表皮、真皮和皮下组织。 胃肠道活检： 嵌入边缘以显示从表面上皮到粘膜肌层的完整粘膜厚度。 芯针活检： 平行于切割表面嵌入，多个芯在同一平面上平行排列。 小碎片活检： 在处理前用透镜纸包裹或预先嵌入琼脂中，以防止小碎片丢失。
边距评估需要正面（垂直）嵌入边距部分，以便在切割面上对着墨表面进行剖切。 淋巴结： 如果 >5 毫米则一分为二；嵌入切面向下，以最大化截面中的节点薄壁组织。
石蜡块存储
石蜡块是组织病理学的主要档案材料。它们可以在室温下无限期储存，石蜡具有化学惰性，块体可切片数十年。 储存条件：阴凉（15-25°C）、干燥（避免容易发霉的湿度）和避光（光线会降解某些抗原）。块存储在带标签的文件系统中（按登录号编号）的防火柜中。石蜡块的保留期限因司法管辖区而异：诊断块通常为 10-20 年；教学文件和研究的部分可以无限期保留。
组织微阵列构建
组织微阵列 (TMA) 允许在一张载玻片上同时分析数百个组织样本。 TMA 点阵仪从供体石蜡块（选定的感兴趣区域，例如肿瘤中心、侵入性边缘）中去除 0.6-2.0 mm 的核心，并将它们以网格图案重新嵌入受体块中。 TMA 切片可通过 H&E、IHC 或原位杂交 进行染色，以进行高通量分析。 TMA 广泛用于生物标志物验证、IHC 优化和研究。
冷冻组织生物样本库
冷冻组织是分子分析的黄金标准，因为冷冻可以保存 RNA、DNA 和蛋白质，而不会因福尔马林固定而导致降解。 方案：将新鲜组织（取出后 20-30 分钟内收集）切成 5-10 mm 的块，放入冷冻管中，并在干冰上冷却的液氮或异戊烷中速冻。冷冻组织储存在-80°C 或液氮蒸气相（-150°C）中。 最佳切割温度 (OCT) 化合物 用于包埋冷冻组织以进行低温切片。
冷冻生物样本库的质量指标包括：冷缺血时间（分钟）、冻融循环（最小化）、储存温度和 RNA 完整性数（对于大多数分子应用，RIN > 7）。 H&E 控制： 每个冷冻块都应有 H&E 染色切片以验证组织含量和质量。
研究用福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织
FFPE 组织是回顾性研究最丰富的资源，因为诊断块普遍可用。从 FFPE 组织中提取的核酸经过片段化和化学修饰（脱氨、交联），但足以用于 PCR、靶向测序和 IHC。 来自 FFPE 的 DNA 足以进行最多 300 个碱基对扩增子的大多数分子测定。 来自 FFPE 的 RNA 降解程度更高 ， 适用于靶向基因表达分析，但不适用于没有专门方案的转录组范围研究。
道德和监管考虑
生物样本库需要知情同意才能使用剩余组织进行研究。许多机构在广泛的同意模式下运作，患者同意未来未指定的研究。 匿名化删除直接标识符； 去识别化用代码替换标识符。未经同意使用诊断组织的研究需要伦理委员会的批准。法规（美国的 HIPAA、欧洲的 GDPR、英国的人体组织法）管理组织储存、转移和研究使用。实验室质量保证 计划包括对块存储、标签准确性和检索时间的定期审核。
