概述

靶向蛋白质组学专注于以高灵敏度、特异性和通量定量预定义的蛋白质组，这与旨在广泛、非靶向覆盖的发现蛋白质组学形成对比。最广泛采用的技术是在三重四极杆质谱仪上执行的选择反应监测（SRM，也称为多反应监测或 MRM）。SRM 分析靶向特定的肽段-前体-碎片转换，称为 proteotypic 肽段，它们唯一代表目标蛋白质。该方法提供与免疫分析相当的定量精度，同时提供更高的多重分析能力和更快的分析方法开发。

方法

分析方法开发始于proteotypic 肽段的选择——这些肽段对目标蛋白质是唯一的，在质谱仪中飞行良好，并产生强烈的碎片离子。对于每个肽段，在色谱洗脱期间监测几个转换（前体离子 m/z 到碎片离子 m/z）。内标，通常是目标肽段的稳定同位素标记版本，以已知浓度掺入样品中，以实现绝对定量。Orbitrap 仪器上的平行反应监测（PRM）提供了一种具有高分辨率全谱采集的相关方法。数据非依赖性采集（DIA）方法如 SWATH-MS 通过以系统方式记录所有前体的所有碎片离子，弥合了发现与靶向分析之间的差距。

应用

靶向蛋白质组学是验证和确认在非靶向研究中发现的候选生物标志物的首选方法。它广泛应用于临床研究，以定量与特定疾病相关的蛋白质组合。这些分析补充了传统的 ELISA 测量，提供了基于凝胶的方法的替代方案，并且可以在单次运行中多重分析数十种蛋白质。与 HPLC 分离和质谱检测的整合确保了稳健的定量，而蛋白质定量分析提供了总蛋白浓度的正交验证。