Los hongos filamentosos (mohos) crecen como hifas multicelulares y son causas importantes de enfermedad humana, particularmente en pacientes inmunocomprometidos. Los géneros más clínicamente significativos incluyen Aspergillus, los dermatofitos y los Mucorales.

Las especies de Aspergillus son mohos ambientales ubicuos. Aspergillus fumigatus es la causa más común de aspergilosis invasiva, una infección potencialmente mortal en pacientes neutropénicos, receptores de trasplantes y aquellos que reciben corticosteroides en dosis altas. Aspergillus flavus produce aflatoxinas y es una causa común de sinusitis fúngica. Aspergillus niger causa otomicosis y se utiliza industrialmente para la producción de ácido cítrico.

La enfermedad pulmonar por Aspergillus se presenta en tres formas dependiendo del estado inmune del huésped. La aspergilosis broncopulmonar alérgica ocurre en asmáticos y pacientes con fibrosis quística. El aspergiloma es una bola fúngica que se desarrolla en cavidades pulmonares preexistentes. La aspergilosis pulmonar invasiva implica invasión tisular y angioinvasión, causando infarto, hemorragia y diseminación a otros órganos. El diagnóstico combina TC de tórax que muestra el signo del halo, detección del antígeno galactomanano en suero o lavado broncoalveolar y cultivo.

Los dermatofitos son mohos que infectan tejidos queratinizados incluyendo piel, cabello y uñas. Trichophyton rubrum es la causa más común de dermatofitosis a nivel mundial. Microsporum canis es una especie zoofílica que causa tinea capitis en niños. Los dermatofitos producen proteasas que digieren la queratina, causando infección superficial limitada al estrato córneo. El diagnóstico de laboratorio implica la preparación con hidróxido de potasio de raspados de piel para microscopía directa y cultivo en agar Sabouraud dextrosa con cicloheximida. El tratamiento utiliza azoles tópicos o sistémicos o terbinafina.

El orden Mucorales incluye especies de Rhizopus, Mucor y Lichtheimia. La mucormicosis es una infección angioinvasiva rápidamente progresiva que ocurre en pacientes con cetoacidosis diabética, neoplasia hematológica o sobrecarga de hierro. La mucormicosis rino-cerebral se presenta con dolor facial, necrosis y parálisis de nervios craneales. El diagnóstico requiere biopsia tisular que muestre hifas anchas, en forma de cinta, no septadas con ramificación en ángulo recto.