El norovirus es la principal causa de gastroenteritis aguda en todo el mundo y es responsable de aproximadamente el 50% de todos los brotes transmitidos por alimentos. Es altamente infeccioso, con una dosis infecciosa tan baja como de 10 a 100 partículas virales. La transmisión se produce por vía fecal-oral, alimentos contaminados (en particular mariscos de aguas contaminadas, productos frescos y alimentos listos para el consumo manipulados por trabajadores infectados), contacto de persona a persona y superficies contaminadas. El período de incubación es de 12 a 48 horas, con síntomas de vómitos, diarrea, náuseas y calambres abdominales que duran de 24 a 72 horas. La inmunidad es de corta duración y la reinfección con diferentes genotipos es común.

El virus de la hepatitis A (VHA) causa inflamación del hígado con un período de incubación mucho más largo, de 15 a 50 días (un promedio de 28 días). Los síntomas incluyen ictericia, orina oscura, fiebre, fatiga y dolor abdominal. A diferencia del norovirus, la infección por hepatitis A confiere inmunidad de por vida. El VHA se transmite a través de agua y alimentos contaminados, con brotes relacionados con bayas congeladas, cebollas verdes, arilos de granada y mariscos bivalvos. Hay una vacuna disponible y se recomienda para los viajeros a zonas endémicas y para los manipuladores de alimentos en algunas jurisdicciones.

La detección de virus entéricos en los alimentos se basa en la PCR cuantitativa con transcripción inversa (RT-qPCR). Para el norovirus y el VHA en los mariscos, el método estándar ISO 15216 especifica la extracción del virus del tejido digestivo seguida de RT-qPCR. La detección en productos agrícolas y agua utiliza precipitación o ultrafiltración con polietilenglicol para la concentración. La interpretación de los resultados positivos debe tener en cuenta la incapacidad de la RT-qPCR para distinguir virus infecciosos de no infecciosos. Métodos alternativos como la PCR de viabilidad (que utiliza colorantes intercalados como PMAxx) y el cultivo celular (para el VHA, que utiliza células FRhK-4) pueden evaluar la infectividad.

La prevención se basa en una estricta higiene de las manos (los desinfectantes a base de alcohol son menos eficaces contra el norovirus; lavarse las manos con agua y jabón es fundamental), la exclusión de manipuladores de alimentos enfermos durante al menos 48 horas después de la resolución de los síntomas, la cocción minuciosa de los mariscos (temperatura interna >90 °C durante 90 segundos) y el saneamiento de las superficies en contacto con los alimentos con desinfectantes a base de cloro. En algunos países se recomienda la vacunación contra el VHA de los manipuladores de alimentos. Una mejor gestión de la calidad del agua y un seguimiento de los virus en las zonas de cultivo de mariscos son esenciales para la prevención primaria. Los patógenos virales causan infección alimentaria en lugar de intoxicación. A diferencia de los patógenos bacterianos como Salmonella, los virus no se replican en los alimentos. La prevención se basa en la higiene de manos y controles basados en HACCP.