Aspergillus oryzae, conocido como moho koji, es el hongo más importante en las fermentaciones alimentarias del este de Asia. Se utiliza para producir koji, un cultivo iniciador para salsa de soja, miso, sake y mirin. A. oryzae se cultiva en arroz, cebada o soja cocidos al vapor, donde secreta potentes enzimas hidrolíticas que incluyen alfa-amilasas, glucoamilasas, proteasas (tanto ácidas como alcalinas) y lipasas. Estas enzimas descomponen los almidones en azúcares fermentables y las proteínas en aminoácidos y péptidos, que luego son utilizados por la levadura y las BAL en etapas de fermentación posteriores. A. oryzae generalmente se reconoce como segura a pesar de su estrecha relación genética con el aflaxigénico A. flavus.
El tempeh es un producto de soja fermentado originario de Indonesia, producido mediante fermentación en estado sólido con Rhizopus microsporus var. oligosporus (antes R. oligosporus). El hongo crece como una densa estera micelial que une la soja cocida en una torta compacta. Durante la fermentación, Rhizopus produce lipasas que hidrolizan los lípidos de la soja en ácidos grasos libres, junto con fitasas que reducen el contenido de ácido fítico, mejorando la biodisponibilidad mineral. El micelio también produce un suave sabor a nuez y una textura firme y rebanable. El tempeh es una fuente completa de proteínas y una fuente importante de vitamina B12 cuando la fermentación la llevan a cabo determinadas bacterias además del moho.
Penicillium roqueforti se utiliza en la producción de quesos de veta azul como el Roquefort, Gorgonzola, Stilton y Danish Blue. El moho se añade a la leche o a la cuajada y crece por toda la matriz del queso durante la maduración. Se insertan agujas o cables para crear canales de oxígeno, lo que permite que el aeróbico obligado P. roqueforti esporule y desarrolle el característico color azul verdoso. El moho produce lipasas que liberan ácidos grasos libres y metilcetonas (particularmente 2-heptanona), lo que contribuye al sabor picante. P. camemberti, utilizado para Camembert y Brie, produce un crecimiento superficial blanco y aterciopelado y secreta proteasas que suavizan la textura del queso desde el exterior hacia el interior.
Las consideraciones de seguridad en las fermentaciones con moho se centran en la producción de micotoxinas. Si bien las especies utilizadas en las fermentaciones de alimentos generalmente se consideran seguras, la selección cuidadosa de las cepas y el control de calidad son esenciales para evitar la contaminación por cepas toxigénicas. Las cepas no toxigénicas de A. oryzae utilizadas en la producción de koji carecen de genes para la biosíntesis de aflatoxinas. De manera similar, P. roqueforti produce la micotoxina roquefortina C y la toxina PR, pero están presentes en concentraciones muy bajas en el queso y se degradan en gran medida durante la maduración. Los programas de monitoreo de micotoxinas en materias primas y productos terminados son una práctica estándar en las industrias de fermentación en moldes. Los productos fermentados con moho a menudo implican una sucesión de bacterias del ácido láctico seguida del crecimiento de hongos. La fermentación de levadura puede preceder al crecimiento de moho en algunos procesos. La producción de micotoxinas por parte de ciertos mohos requiere un seguimiento cuidadoso mediante análisis de micotoxinas.
