La microbiota de la leche cruda está dominada por BAL (Lactococcus, Lactobacillus, Leuconostoc) que se originan en la ubre, el equipo de ordeño y el medio ambiente. Sin embargo, los microorganismos de deterioro más importantes en la leche cruda refrigerada son los bacilos gramnegativos psicrotróficos, en particular Pseudomonas fluorescens y Pseudomonas fragi. Estos organismos crecen durante el almacenamiento refrigerado y producen lipasas y proteasas extracelulares termoestables que sobreviven a la pasteurización y al procesamiento a temperatura ultraalta (UHT). La actividad enzimática posterior al procesamiento produce gelificación, amargor y rancidez en la leche y la nata UHT durante el almacenamiento.
El amargor de la leche es causado por BAL que fermentan la lactosa a ácido láctico, reduciendo el pH y provocando la coagulación de la caseína. Este proceso es deseable para los productos lácteos fermentados, pero constituye un deterioro cuando no se controla en la leche líquida. La secuencia típica de acidificación de la leche cruda a temperatura ambiente involucra Streptococcus spp. Inicialmente, seguido por Lactobacillus spp., más tolerante a los ácidos. En la leche pasteurizada, la postcontaminación por bacilos gramnegativos psicrotróficos (Pseudomonas, Enterobacter) es la ruta principal de deterioro, que produce proteólisis y sabores desagradables antes de que se produzca una acidificación suficiente para la coagulación.
El deterioro del queso se manifiesta de varias formas según el tipo de queso y las condiciones de almacenamiento. La proteólisis por bacterias contaminantes o un exceso de coagulante residual puede provocar amargor y degradación de la textura. La lipólisis por lipasas procedentes de mohos contaminantes y bacterias psicrotróficas produce ácidos grasos libres que provocan rancidez (ácidos butírico, caproico, caprílico, cáprico). El deterioro de la superficie de los quesos duros por mohos (Penicillium, Aspergillus, Mucor) se controla mediante limpieza, encerado o envasado al vacío. El deterioro por pudrición blanda de los quesos con alto contenido de humedad suele ser causado por bacilos gramnegativos (Pseudomonas, Flavobacterium) que degradan las proteínas.
El deterioro por levaduras (Debaryomyces hansenii, Candida, Kluyveromyces marxianus) es común en productos lácteos fermentados como el yogur y la crema agria, donde el pH bajo inhibe las bacterias pero selecciona las levaduras. La producción de gas provoca contenedores hinchados y sabores desagradables a levadura. La extensión de la vida útil de los productos lácteos se basa en buenas prácticas de higiene durante toda la producción, enfriamiento rápido, mantenimiento de la cadena de frío y el uso de cultivos protectores (bacteriocinas productoras de BAL) o la adición de dióxido de carbono. En la industria láctea se utilizan modelos predictivos de vida útil basados en recuentos psicrotróficos iniciales y temperatura de almacenamiento para la gestión de la calidad. El deterioro de los productos lácteos a menudo es causado por organismos psicrotróficos que producen enzimas termoestables. La pasteurización adecuada elimina los patógenos, pero no todos los organismos perjudiciales. La microbiología de los lácteos fermentados implica una fermentación controlada para evitar su deterioro.
