La carne fresca almacenada aeróbicamente a temperaturas de refrigeración desarrolla una microbiota de deterioro característica dominada por especies de Pseudomonas (P. fragi, P. fluorescens, P. lundensis). Estos organismos metabolizan la glucosa, el lactato y los aminoácidos, produciendo compuestos volátiles que incluyen ésteres etílicos (olores afrutados), compuestos de azufre (H₂S, sulfuro de dimetilo) y amoníaco. Una vez que se agota la glucosa, Pseudomonas comienza a metabolizar los aminoácidos, lo que lleva a la producción de putrescina, cadaverina y otras aminas biogénicas asociadas con la putrefacción. Brochothrix thermosphacta también crece en condiciones aeróbicas, produciendo acetoína y diacetilo que contribuyen con malos olores ácidos, parecidos a los lácteos.
En el envasado al vacío, el agotamiento del oxígeno selecciona anaerobios facultativos y obligados. Las bacterias del ácido láctico (Lactobacillus sakei, Lactobacillus curvatus, Leuconostoc) dominan y producen ácido láctico, provocando un olor agrio y ácido. Brochothrix thermosphacta también crece bien al vacío, especialmente si hay oxígeno residual presente. Las enterobacterias (incluidas Hafnia alvei y Serratia liquefaciens) pueden crecer en la carne envasada al vacío, particularmente a temperaturas extremas, produciendo putrescina, cadaverina y H₂S que causan olores pútridos y sulfídicos. Los cambios de color en la carne roja son impulsados por la oxidación de la mioglobina: la oximioglobina (rojo brillante) se convierte en metmioglobina (marrón) a medida que se agota el oxígeno.
El deterioro de los mariscos se produce de manera diferente debido a la presencia de N-óxido de trimetilamina (TMAO), un osmolito que se encuentra en los peces marinos. Las bacterias psicotolerantes Gram-negativas, en particular Shewanella putrefaciens y Photobacterium phosforeum, reducen el OTMA a trimetilamina (TMA), que es responsable del característico olor a “pescado”. Pseudomonas también contribuye al deterioro de los mariscos, produciendo sulfuros volátiles e hipoxantina a partir de la degradación del ATP. La intoxicación por histamina en el pescado (intoxicación por escombroides) se debe a la descarboxilación de histidina a histamina por las especies Morganella morganii, Proteus y Hafnia en pescado almacenado a temperaturas superiores a 4-5 °C.
Las aminas biógenas (histamina, putrescina, cadaverina, tiramina, espermina, espermidina) sirven como indicadores de deterioro tanto en la carne como en los mariscos. Se producen por descarboxilación bacteriana de aminoácidos y su acumulación se correlaciona fuertemente con el crecimiento microbiano y el rechazo sensorial. Los métodos HPLC y LC-MS/MS se utilizan para la determinación cuantitativa de aminas biógenas. El control del deterioro en los alimentos musculares se basa en un enfriamiento rápido, un control estricto de la temperatura a lo largo de la cadena de frío, un sacrificio y procesamiento higiénicos y tecnologías de envasado que incluyen el envasado al vacío y el envasado en atmósfera modificada (alto CO₂, bajo O₂) para inhibir el crecimiento de organismos aeróbicos de deterioro. El deterioro de la carne involucra organismos psicrotróficos que producen malos olores y baba. Las aminas biogénicas como la histamina son peligros para la seguridad en los mariscos. El envasado en atmósfera modificada prolonga la vida útil al inhibir las bacterias aeróbicas de deterioro.
