碳水化合物和粘蛋白染色可检测组织切片中的糖原、糖蛋白、蛋白聚糖和粘蛋白，用于诊断组织化学。
结缔组织对胶原蛋白、弹性纤维、肌肉和纤维蛋白进行不同颜色的染色，以评估纤维化、血管疾病和组织损伤。
苏木精和伊红是标准组织染色剂；其化学成分和配方决定了核细节和细胞质对比度。
微生物的组织化学染色可以使福尔马林固定的组织切片中的细菌、真菌、分枝杆菌和寄生虫可视化。
自动化组织处理机通过程序化的试剂交换循环，对固定组织进行脱水、清洁和石蜡渗透。
脱钙可去除矿化组织中的钙，以便进行切片，使用必须保持形态和抗原性的酸或螯合剂。
包埋将组织定向在石蜡块中进行切片，而生物库则保存组织和石蜡块以供将来的研究和分子分析。
固定通过稳定蛋白质和防止自溶来保留组织形态，固定剂的选择决定下游染色的成功。
标本接收和大体检查是组织病理学准备的第一步，确保正确识别和代表性取样。
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