Nahrungsmittelallergene sind Proteine, die bei empfindlichen Personen abnormale Immunreaktionen auslösen, die von leichter Urtikaria bis hin zu lebensbedrohlicher Anaphylaxie reichen können. Die „Big 9“-Allergene, die in den wichtigsten Regulierungsrahmen anerkannt sind, sind Milch, Eier, Fisch, Krustentiere, Nüsse (Mandeln, Walnüsse, Cashewnüsse usw.), Erdnüsse, Weizen, Sojabohnen und Sesam. Diese neun Lebensmittel sind für etwa 90 % aller Nahrungsmittelallergien verantwortlich. Im Gegensatz zu anderen Gefahren für die Lebensmittelsicherheit stellen Allergene kein Risiko für die allgemeine Bevölkerung dar, was ihren Umgang in Lebensmittelproduktionsumgebungen zu einer besonderen Herausforderung macht.

Ein Kreuzkontakt entsteht, wenn ein Allergen unbeabsichtigt von einem allergenhaltigen Lebensmittel auf ein allergenfreies Lebensmittel übertragen wird. Dies unterscheidet sich von einer Kreuzkontamination mit mikrobiellen Krankheitserregern. Kreuzkontakt kann durch gemeinsam genutzte Verarbeitungsgeräte, Staub in der Luft, Ölaerosole beim Braten, Nacharbeiten und Umgang mit Mitarbeitern auftreten. Das Risiko erhöht sich in Betrieben, die mehrere Produktformulierungen auf derselben Linie herstellen. Spezielle Produktionslinien und -anlagen bieten ein Höchstmaß an Allergenkontrolle, sind jedoch oft wirtschaftlich unpraktisch. Für gemeinsam genutzte Geräte sind validierte Reinigungsverfahren zwischen allergenhaltigen und allergenfreien Läufen erforderlich.

Die Reinigungsvalidierung ist für das Allergenmanagement von entscheidender Bedeutung. Zu den gängigen Methoden gehören visuelle Inspektion, ATP-Biolumineszenz für allgemeine Sauberkeit, Proteinabstrich mithilfe kolorimetrischer Tests und spezifischer Allergennachweis mithilfe von ELISA-Kits, die auf Restprotein abzielen (z. B. für Gluten, Milch, Ei, Erdnuss, Mandel). Lateral-Flow-Geräte ermöglichen schnelle Tests vor Ort. Das Reinigungsvalidierungsprotokoll muss nachweisen, dass das Allergenprotein unter einen Schwellenwert reduziert wird, der der Referenzdosis für das betreffende Allergen entspricht. Zu den Reinigungsverfahren können Nassreinigung mit validierten Reinigungsmitteln, Trockenreinigung mit Staubsaugen und Wischen oder Produktdurchdrückprotokolle gehören.

Die Vorschriften zur Allergenkennzeichnung variieren weltweit. In den Vereinigten Staaten verlangt FALCPA, dass alle Zutaten, die Proteine der Hauptallergene enthalten, mit dem gebräuchlichen Namen des Allergens deklariert werden müssen. Die EU-Verordnung über Lebensmittelinformationen für Verbraucher (FIC) schreibt eine ähnliche Kennzeichnung vor, wobei der Schwerpunkt auf einer klaren Präsentation liegt. Die vorsorgliche Allergenkennzeichnung (PAL), wie z. B. der Hinweis „Kann enthalten“, wird freiwillig verwendet, um auf das Risiko eines unbeabsichtigten Vorhandenseins von Allergenen hinzuweisen. Allerdings kann der übermäßige Einsatz von PAL die Wahlmöglichkeiten der Verbraucher einschränken und wird zunehmend durch risikobasierte Ansätze ersetzt, die Referenzdosen und Wirkungsniveaus verwenden. Das Allergenmanagement ist in HACCP-Pläne integriert und erfordert eine gründliche Dokumentation. Kreuzkontakt muss von Allergen-Kreuzkontamination unterschieden werden, und das Allergenrisiko unterscheidet sich von Nahrungsmittelallergien und -unverträglichkeiten bei Verbrauchern.