Die kommerzielle Sterilisation ist ein strengerer thermischer Prozess als die Pasteurisierung und zielt darauf ab, alle pathogenen und verderblichen Mikroorganismen zu zerstören, die bei ungekühlter Lagerung im Produkt wachsen können. Der Zielmikroorganismus für Konserven mit niedrigem Säuregehalt (pH > 4,6) ist Clostridium botulinum, und das Standardverfahren erreicht eine 12D-Reduktion (das „12D-Konzept“) bei 121,1 °C. Bei sauren Lebensmitteln (pH < 4,6) verlagert sich das Ziel auf säuretolerante Verderbniserreger wie Bacillus coagulans und Schimmelpilze.
Retortensysteme werden nach Betriebsart klassifiziert. Batch-Retorten (Destillations-, Rotations- oder Kasten-Retorten) sind flexibel für verschiedene Behältergrößen und -typen. Kontinuierliche Retorten (hydrostatische Rotationskocher-Kühler) bieten einen höheren Durchsatz für gleichmäßige Produkte. Die Aufheizzeit, also der Zeitraum, den die Retorte benötigt, um die Zieltemperatur zu erreichen, muss bei Prozessberechnungen berücksichtigt werden. Der Fo-Wert, die akkumulierte Letalität, ausgedrückt in Minuten bei 121,1 °C mit z = 10 °C, ist das entscheidende Prozesskriterium. Typische Fo-Ziele reichen von 3–5 Minuten für säurearme Lebensmittel bis zu 8–12 Minuten für Fleischprodukte.
Untersuchungen zur Wärmedurchdringung bestimmen den kalten Punkt innerhalb des Behälters, also die Stelle, die sich am langsamsten erwärmt. Bei konduktionserwärmenden Produkten (z. B. festes Fleisch, zähflüssige Suppen) liegt der Kaltpunkt im geometrischen Mittelpunkt. Bei Produkten, die durch Konvektion erhitzt werden (z. B. eingelegtes Gemüse, Säfte), ist der Kaltpunkt nach unten versetzt. Zur Berechnung der integrierten tödlichen Wirkung werden Thermoelementdaten verwendet. Zu den Behältertypen gehören dreiteilige Stahldosen, zweiteilige gezogene Aluminiumdosen, Glasgefäße, flexible Beutel und halbstarre Schalen.
Zu den Verderbsindikatoren nach kommerzieller Sterilisation gehören flach saurer Verderb (Bacillus stearothermophilus, Säureproduktion ohne Gas), thermophiler anaerober (TA) Verderb (C. thermosaccharolyticum, Gas und Säure) und Sulfidverderb (C. nigrificans, Schwärzung durch Schwefelwasserstoff). Die ordnungsgemäße Integrität des Behälters, die Chlorierung des Kühlwassers und die Prüfung der hermetischen Versiegelung (Doppelnahtprüfung) sind für die Regalstabilität von entscheidender Bedeutung. Kommerzielle Sterilisation zielt auf Sporen von Clostridium botulinum ab. Eine unzureichende Sterilisation kann zu sporenbildendem Verderb führen. Pasteurisierung erreicht nur eine logarithmische Reduzierung vegetativer Krankheitserreger.
