Lebensmittelbedingte Krankheiten werden basierend auf dem Pathogenesemechanismus in drei Hauptkategorien eingeteilt. Lebensmittelbedingte Infektionen treten auf, wenn lebende pathogene Mikroorganismen aufgenommen werden, den Magen-Darm-Trakt besiedeln und durch Eindringen oder Toxinproduktion im Wirt Krankheiten verursachen. Zu den häufigen bakteriellen Infektionen gehören Salmonellen (nicht typhusartig), Campylobacter jejuni und pathogene Escherichia coli. Auch Virusinfektionen wie Norovirus und Hepatitis A zählen zu den Infektionen. Die Inkubationszeit beträgt typischerweise 12–72 Stunden. Zu den Symptomen gehören Durchfall, Fieber, Bauchkrämpfe und Erbrechen, die mehrere Tage anhalten.
Lebensmittelbedingte Vergiftungen entstehen durch die Aufnahme vorgeformter Toxine, die von Mikroorganismen in der Nahrung vor dem Verzehr produziert werden. Clostridium botulinum produziert Botulinum-Neurotoxin in unsachgemäß konservierten, säurearmen Lebensmitteln und verursacht ein schweres Lähmungssyndrom mit einer Inkubationszeit von 12–36 Stunden. Staphylococcus aureus-Enterotoxin ist hitzestabil und verursacht schnell einsetzendes (1–6 Stunden) Erbrechen und Durchfall. Das Brechgift (Cereulid) von Bacillus cereus wird in Reis- und Nudelgerichten vorgebildet. Da das Toxin bereits vorhanden ist, beseitigt das Kochen der Lebensmittel nach der Toxinbildung das Krankheitsrisiko nicht.
Toxikoinfektionen liegen zwischen Infektionen und Vergiftungen. Der Erreger wird aufgenommen und produziert dann im Magen-Darm-Trakt Toxin. Clostridium perfringens Typ A produziert während der Sporulation im Dünndarm Enterotoxin und verursacht 8–16 Stunden nach der Einnahme wässrigen Durchfall. Bacillus cereus vom Durchfalltyp produziert Enterotoxine im Darm. Auch Vibrio cholerae und enterotoxische E. coli (ETEC) produzieren nach der Besiedlung Enterotoxine im Darm.
Die Ausbruchsuntersuchung beruht auf der Unterscheidung dieser Mechanismen. Kurze Inkubationszeiten mit Erbrechen deuten auf eine Vergiftung hin, während längere Inkubationszeiten mit Fieber auf eine Infektion hinweisen. Zur Laborbestätigung ist der Nachweis des Erregers im Stuhl (bei Infektionen und Toxikoinfektionen) oder des Toxins in Lebensmitteln (bei Vergiftungen) erforderlich. Überwachungssysteme wie PulseNet (PFGE- und WGS-Typisierung) verfolgen Ausbruchsstämme. Dementsprechend unterscheiden sich die Präventionsstrategien: Verhinderung von Kontamination und Wachstum bei Vergiftungen, gegenüber angemessenem Kochen und Verhinderung von Kreuzkontaminationen bei Infektionen. Zu den klassischen lebensmittelbedingten Infektionen gehören Salmonellen und Campylobacter, während Vergiftungen durch Clostridium botulinum veranschaulicht werden. Norovirus und Hepatitis A stellen virale, durch Lebensmittel übertragene Infektionen mit ausgeprägter Epidemiologie dar.