Aspergillus oryzae, bekannt als Koji-Schimmel, ist der wichtigste Pilz bei der Fermentation ostasiatischer Lebensmittel. Es wird zur Herstellung von Koji verwendet, einer Starterkultur für Sojasauce, Miso, Sake und Mirin. A. oryzae wird auf gedämpftem Reis, Gerste oder Sojabohnen gezüchtet, wo es starke hydrolytische Enzyme absondert, darunter Alpha-Amylasen, Glucoamylasen, Proteasen (sowohl saure als auch alkalische) und Lipasen. Diese Enzyme zerlegen Stärke in fermentierbare Zucker und Proteine in Aminosäuren und Peptide, die dann von Hefe und LAB in nachfolgenden Fermentationsstufen genutzt werden. A. oryzae gilt trotz seiner engen genetischen Verwandtschaft mit dem aflatoxigenen A. flavus allgemein als sicher.
Tempeh ist ein fermentiertes Sojabohnenprodukt aus Indonesien, das durch Festphasenfermentation mit Rhizopus microsporus var. hergestellt wird. oligosporus (früher R. oligosporus). Der Pilz wächst als dichte Myzelmatte, die gekochte Sojabohnen zu einem kompakten Kuchen zusammenhält. Während der Fermentation produziert Rhizopus Lipasen, die Sojabohnenlipide in freie Fettsäuren hydrolysieren, sowie Phytasen, die den Phytinsäuregehalt reduzieren und so die Bioverfügbarkeit von Mineralien verbessern. Das Myzel erzeugt außerdem einen milden nussigen Geschmack und eine feste, schneidbare Textur. Tempeh ist eine vollständige Proteinquelle und eine wichtige Quelle für Vitamin B12, wenn die Fermentation zusätzlich zum Schimmel durch bestimmte Bakterien durchgeführt wird.
Penicillium roqueforti wird bei der Herstellung von Blauschimmelkäse wie Roquefort, Gorgonzola, Stilton und Danish Blue verwendet. Der Schimmel wird der Milch oder dem Quark zugesetzt und wächst während der Reifung in der gesamten Käsematrix. Nadeln oder Drähte werden eingeführt, um Sauerstoffkanäle zu schaffen, die es dem obligat aeroben P. roqueforti ermöglichen, zu sporulieren und die charakteristische blaugrüne Farbe zu entwickeln. Der Schimmelpilz produziert Lipasen, die freie Fettsäuren und Methylketone (insbesondere 2-Heptanon) freisetzen und so zum scharfen Geschmack beitragen. P. camemberti, das für Camembert und Brie verwendet wird, erzeugt einen weißen, samtigen Oberflächenwuchs und sondert Proteasen ab, die die Käsetextur von außen nach innen weicher machen.
Sicherheitsüberlegungen bei Schimmelpilzfermentationen konzentrieren sich auf die Mykotoxinproduktion. Während die bei Lebensmittelfermentationen verwendeten Arten im Allgemeinen als sicher gelten, sind eine sorgfältige Stammauswahl und Qualitätskontrolle unerlässlich, um eine Kontamination durch toxigene Stämme zu verhindern. Nicht toxigenen Stämmen von A. oryzae, die bei der Koji-Produktion verwendet werden, fehlen die Gene für die Aflatoxin-Biosynthese. In ähnlicher Weise produziert P. roqueforti das Mykotoxin Roquefortin C und PR-Toxin, diese sind jedoch in sehr geringen Konzentrationen im Käse vorhanden und werden während der Reifung weitgehend abgebaut. Programme zur Überwachung von Mykotoxinen in Rohstoffen und Fertigprodukten gehören in der Schimmelpilzfermentationsindustrie zur Standardpraxis. Bei mit Schimmelpilzen fermentierten Produkten kommt es häufig zu einer Reihe von Milchsäurebakterien, gefolgt von Pilzwachstum. Hefefermentation kann bei einigen Prozessen der Schimmelbildung vorausgehen. Die Mykotoxinproduktion durch bestimmte Schimmelpilze erfordert eine sorgfältige Überwachung durch Mykotoxinanalyse.
