Das Norovirus ist weltweit die Hauptursache für akute Gastroenteritis und verantwortlich für schätzungsweise 50 % aller lebensmittelbedingten Ausbrüche. Es ist hochansteckend, mit einer Infektionsdosis von nur 10-100 Viruspartikeln. Die Übertragung erfolgt über den fäkal-oralen Weg, kontaminierte Lebensmittel (insbesondere Schalentiere aus verschmutzten Gewässern, Frischwaren und verzehrfertige Lebensmittel, die von infizierten Arbeitern gehandhabt werden), Kontakt von Mensch zu Mensch und kontaminierte Oberflächen. Die Inkubationszeit beträgt 12–48 Stunden, wobei die Symptome Erbrechen, Durchfall, Übelkeit und Bauchkrämpfe 24–72 Stunden anhalten. Die Immunität ist nur von kurzer Dauer und eine erneute Infektion mit anderen Genotypen kommt häufig vor.

Das Hepatitis-A-Virus (HAV) verursacht eine Leberentzündung mit einer viel längeren Inkubationszeit von 15–50 Tagen (durchschnittlich 28 Tage). Zu den Symptomen gehören Gelbsucht, dunkler Urin, Fieber, Müdigkeit und Bauchschmerzen. Im Gegensatz zum Norovirus verleiht eine Hepatitis-A-Infektion eine lebenslange Immunität. HAV wird durch kontaminierte Lebensmittel und Wasser übertragen, wobei Ausbrüche auf gefrorene Beeren, Frühlingszwiebeln, Granatapfelkerne und Muscheln zurückzuführen sind. Ein Impfstoff ist verfügbar und wird in einigen Gerichtsbarkeiten Reisenden in Endemiegebiete und Lebensmittelhändlern empfohlen.

Der Nachweis von Darmviren in Lebensmitteln basiert auf der quantitativen Reverse-Transkription-PCR (RT-qPCR). Für Noroviren und HAV in Schalentieren sieht die Standardmethode ISO 15216 die Virusextraktion aus Verdauungsgewebe mit anschließender RT-qPCR vor. Der Nachweis in Produkten und Wasser erfolgt durch Polyethylenglykol-Fällung oder Ultrafiltration zur Konzentration. Bei der Interpretation positiver Ergebnisse muss berücksichtigt werden, dass die RT-qPCR nicht in der Lage ist, infektiöse von nichtinfektiösen Viren zu unterscheiden. Alternative Methoden wie Lebensfähigkeits-PCR (mit interkalierenden Farbstoffen wie PMAxx) und Zellkultur (für HAV mit FRhK-4-Zellen) können die Infektiosität beurteilen.

Zur Vorbeugung gehört eine strikte Händehygiene (Desinfektionsmittel auf Alkoholbasis sind weniger wirksam gegen Noroviren; Händewaschen mit Wasser und Seife ist von entscheidender Bedeutung), der Ausschluss von erkrankten Personen, die mit Lebensmitteln umgehen, für mindestens 48 Stunden nach Abklingen der Symptome, gründliches Kochen von Schalentieren (Innentemperatur > 90 °C für 90 Sekunden) und die Desinfektion von Oberflächen, die mit Lebensmitteln in Berührung kommen, mit Desinfektionsmitteln auf Chlorbasis. In einigen Ländern wird die HAV-Impfung für Lebensmittelhändler empfohlen. Ein verbessertes Wasserqualitätsmanagement und eine Virenüberwachung in Muschelanbaugebieten sind für die Primärprävention von wesentlicher Bedeutung. Virale Krankheitserreger verursachen eher eine Lebensmittelinfektion als eine Vergiftung. Im Gegensatz zu bakteriellen Krankheitserregern wie Salmonellen vermehren sich Viren nicht in Lebensmitteln. Prävention beruht auf Händehygiene und HACCP-basierten Kontrollen.