Modelos ocultos de Markov em análise de sequência
Os modelos ocultos de Markov são estruturas probabilísticas para modelar padrões de sequência na localização de genes, alinhamento e classificação de famílias de proteínas.
Análise K-mer: Composição e Frequência de Sequência
A análise K-mer conta substrings curtas de comprimento k em sequências para caracterização do genoma, correção de erros e binning metagenômico.
Descoberta de motivos: encontrando padrões regulatórios em sequências
A descoberta do motivo identifica padrões de sequência curtos e conservados que representam locais de ligação ou elementos funcionais.
Alinhamento de múltiplas sequências: comparando três ou mais sequências
O alinhamento de múltiplas sequências estende o alinhamento aos pares para comparar múltiplas sequências homólogas para análise filogenética e funcional.
Design de Primer para PCR e Sequenciamento
O design do primer cria oligonucleotídeos curtos com termodinâmica e especificidade ideais para amplificação por PCR e reações de sequenciamento.
Análise do Promotor: Identificando Regiões Reguladoras
A análise do promotor identifica locais de início da transcrição e elementos reguladores que controlam a expressão genética.
Alinhamento de sequências: comparação de pares de sequências biológicas
O alinhamento de sequências organiza sequências de DNA, RNA ou proteínas para identificar regiões de similaridade e relações evolutivas.
Montagem de sequência: reconstruindo DNA a partir de fragmentos
Algoritmos de montagem de sequências mesclam fragmentos de DNA sobrepostos em sequências contíguas para reconstrução do genoma e do transcriptoma.
Pesquisa de banco de dados de sequências com BLAST
O BLAST encontra regiões de similaridade local entre sequências de consulta e entradas de banco de dados para inferência funcional e evolutiva.
