Aspergillus oryzae, conhecido como mofo koji, é o fungo mais importante nas fermentações de alimentos do Leste Asiático. É usado para produzir koji, uma cultura inicial para molho de soja, missô, saquê e mirin. A. oryzae é cultivada em arroz cozido no vapor, cevada ou soja, onde secreta enzimas hidrolíticas poderosas, incluindo alfa-amilases, glucoamilases, proteases (ácidas e alcalinas) e lipases. Essas enzimas decompõem os amidos em açúcares fermentáveis e as proteínas em aminoácidos e peptídeos, que são então utilizados pela levedura e pelas LAB nos estágios subsequentes de fermentação. A. oryzae é geralmente reconhecida como segura, apesar da sua estreita relação genética com o aflatoxigénico A. flavus.

Tempeh é um produto fermentado de soja originário da Indonésia, produzido por fermentação em estado sólido com Rhizopus microsporus var. oligosporus (anteriormente R. oligosporus). O fungo cresce como um denso tapete micelial que une a soja cozida em um bolo compacto. Durante a fermentação, o Rhizopus produz lipases que hidrolisam os lipídios da soja em ácidos graxos livres, juntamente com fitases que reduzem o conteúdo de ácido fítico, melhorando a biodisponibilidade mineral. O micélio também produz um sabor suave de nozes e uma textura firme e fatiável. Tempeh é uma fonte completa de proteínas e uma fonte significativa de vitamina B12 quando a fermentação é realizada por certas bactérias além do mofo.

Penicillium roqueforti é utilizado na produção de queijos de pasta azul, como Roquefort, Gorgonzola, Stilton e Danish Blue. O mofo é adicionado ao leite ou coalhada e cresce em toda a matriz do queijo durante a maturação. Agulhas ou fios são inseridos para criar canais de oxigênio, permitindo que o P. roqueforti aeróbio obrigatório esporule e desenvolva a cor azul esverdeada característica. O mofo produz lipases que liberam ácidos graxos livres e metil cetonas (principalmente 2-heptanona), contribuindo para o sabor picante. P. camemberti, usado para Camembert e Brie, produz uma superfície branca e aveludada e secreta proteases que suavizam a textura do queijo de fora para dentro.

As considerações de segurança nas fermentações de fungos centram-se na produção de micotoxinas. Embora as espécies utilizadas na fermentação de alimentos sejam geralmente consideradas seguras, a seleção cuidadosa das cepas e o controle de qualidade são essenciais para evitar a contaminação por cepas toxigênicas. Cepas não toxigênicas de A. oryzae usadas na produção de koji não possuem os genes para a biossíntese de aflatoxinas. Da mesma forma, P. roqueforti produz a micotoxina roquefortina C e a toxina PR, mas estas estão presentes em concentrações muito baixas no queijo e são amplamente degradadas durante o amadurecimento. Programas de monitoramento de micotoxinas em matérias-primas e produtos acabados são uma prática padrão nas indústrias de fermentação de fungos. Os produtos fermentados com mofo geralmente envolvem uma sucessão de bactérias do ácido láctico seguida pelo crescimento de fungos. Fermentação de levedura pode preceder o crescimento de mofo em alguns processos. A produção de micotoxinas por certos fungos requer monitoramento cuidadoso por meio de análise de micotoxinas.