A carne fresca armazenada de forma aeróbia a temperaturas de refrigeração desenvolve uma microbiota de deterioração característica dominada por espécies de Pseudomonas (P. fragi, P. fluorescens, P. lundensis). Esses organismos metabolizam glicose, lactato e aminoácidos, produzindo compostos voláteis, incluindo ésteres etílicos (odores frutados), compostos de enxofre (H₂S, sulfeto de dimetila) e amônia. Uma vez esgotada a glicose, Pseudomonas começa a metabolizar aminoácidos, levando à produção de putrescina, cadaverina e outras aminas biogênicas associadas à putrefação. Brochothrix thermosphacta também cresce em condições aeróbicas, produzindo acetoína e diacetil que contribuem com odores desagradáveis, semelhantes aos do leite.
Sob embalagem a vácuo, o esgotamento do oxigênio seleciona anaeróbios facultativos e obrigatórios. As bactérias do ácido láctico (Lactobacillus sakei, Lactobacillus curvatus, Leuconostoc) dominam e produzem ácido láctico, causando um odor azedo e ácido. Brochothrix thermosphacta também cresce bem sob vácuo, especialmente se houver oxigênio residual presente. Enterobacteriaceae (incluindo Hafnia alvei e Serratia liquefaciens) podem crescer em carne embalada a vácuo, particularmente em condições de abuso de temperatura, produzindo putrescina, cadaverina e H₂S que causam odores sulfídicos e pútridos. As mudanças de cor na carne vermelha são causadas pela oxidação da mioglobina: a oximioglobina (vermelho brilhante) converte-se em metamioglobina (marrom) à medida que o oxigênio se esgota.
A deterioração dos frutos do mar ocorre de forma diferente devido à presença de N-óxido de trimetilamina (TMAO), um osmólito encontrado em peixes marinhos. Bactérias Gram-negativas psicotolerantes, particularmente Shewanella putrefaciens e Photobacterium fosforeum, reduzem o TMAO a trimetilamina (TMA), que é responsável pelo odor característico de “suspeito”. Pseudomonas também contribui para a deterioração dos frutos do mar, produzindo sulfetos voláteis e hipoxantina a partir da degradação do ATP. A intoxicação por histamina em peixes (envenenamento por escombroide) resulta da descarboxilação da histidina em histamina pelas espécies Morganella morganii, Proteus e Hafnia em peixes armazenados em temperaturas acima de 4-5°C.
As aminas biogênicas (histamina, putrescina, cadaverina, tiramina, espermina, espermidina) servem como indicadores de deterioração tanto em carnes quanto em frutos do mar. Eles são produzidos pela descarboxilação bacteriana de aminoácidos e seu acúmulo está fortemente correlacionado com o crescimento microbiano e a rejeição sensorial. Os métodos HPLC e LC-MS/MS são usados para determinação quantitativa de aminas biogênicas. O controle da deterioração em alimentos musculares depende de resfriamento rápido, controle rigoroso de temperatura em toda a cadeia de frio, abate e processamento higiênicos e tecnologias de embalagem, incluindo embalagem a vácuo e embalagem em atmosfera modificada (alto CO₂, baixo O₂) para inibir o crescimento de organismos aeróbicos deteriorantes. A deterioração da carne envolve organismos psicrotróficos que produzem odores estranhos e limo. Aminas biogênicas, como a histamina, são riscos à segurança em frutos do mar. Embalagem em atmosfera modificada prolonga a vida útil ao inibir bactérias deteriorantes aeróbicas.
