Leveduras e bolores são organismos deteriorantes significativos em alimentos onde a competição bacteriana é limitada, normalmente devido ao baixo pH, baixa atividade de água (aw), baixa temperatura ou presença de conservantes. Zygosaccharomyces é o gênero de levedura deteriorante mais importante devido à sua extrema osmotolerância e resistência a conservantes ácidos fracos. Z. bailii e Z. rouxii podem crescer com aw tão baixa quanto 0,62 e tolerar concentrações de ácido sórbico, ácido benzóico e ácido acético que inibem a maioria das outras leveduras. Eles causam a deterioração de concentrados de suco de frutas, molhos, molhos para salada, vinho e frutas secas.
Debaryomyces hansenii é halotolerante e pode crescer a uma aw 0,83, causando frequentemente a deterioração de carnes salgadas e curadas, queijos e vegetais salgados. Espécies de Candida (C. parapsilosis, C. zeylanoides) também são agentes deteriorantes comuns, particularmente em produtos lácteos. A deterioração da levedura se manifesta como crescimento superficial (pellets, filmes ou turbidez em líquidos), produção de CO₂ (embalagens inchadas), sabores estranhos (estéril, fermentado, rançoso) e alterações no pH. A detecção envolve o plaqueamento em ágar de extrato de malte ou ágar de extrato de levedura de glicose e oxitetraciclina (OGYE) com incubação a 25°C.
A deterioração dos alimentos por fungos é causada principalmente por espécies de Aspergillus, Penicillium e Fusarium. Aspergillus flavus e A. parasiticus produzem aflatoxinas (B₁, B₂, G₁, G₂), que são potentes hepatocarcinógenos. A. ochraceus produz ocratoxina A, uma nefrotoxina encontrada em cereais, café e vinho. Penicillium expansum é a principal causa da podridão do mofo azul em maçãs e produz patulina, uma micotoxina regulada em sucos de maçã. Espécies de Fusarium (F. graminearum, F. verticillioides) produzem desoxinivalenol (DON), fumonisinas e zearalenona em grãos de cereais.
O controle da deterioração fúngica depende de vários obstáculos, incluindo redução da atividade de água (secagem, adição de umectantes), ajuste de pH, uso de conservantes de ácidos fracos (ácidos sórbico, benzóico, propiônico) e embalagem em atmosfera modificada (baixo teor de O₂, elevado CO₂). O conceito de tecnologia de obstáculos enfatiza o efeito sinérgico da combinação de múltiplos estresses subletais. Para a prevenção de micotoxinas, é essencial o controle do crescimento de fungos no campo (boas práticas agrícolas, aplicação de fungicidas, cultivares resistentes) e durante o armazenamento (controle de temperatura, umidade). O teste de micotoxinas usando HPLC, LC-MS/MS ou ELISA é empregado por processadores de alimentos para verificação de matérias-primas e produtos acabados. A deterioração fúngica é diferente da deterioração microbiana bacteriana e pode resultar na produção de micotoxinas. Alguns fungos deteriorantes estão relacionados àqueles usados em [fermentações de fungos] benéficas(/guides/mold-fermentations.html). As estratégias de controle incluem a redução da atividade de água por meio da secagem.
