Visão Geral
A proteômica quantitativa visa medir mudanças na abundância de proteínas em diferentes condições biológicas. Diferentemente da identificação qualitativa, que meramente estabelece a presença de uma proteína, a quantificação revela como o proteoma responde a estímulos, doenças ou tratamentos. Duas grandes estratégias dominam o campo: métodos baseados em marcadores que introduzem marcadores de isótopos estáveis em proteínas ou peptídeos, e métodos livres de marcadores que inferem abundância a partir de contagens espectrais ou intensidades de íons. Cada abordagem envolve compromissos entre precisão, capacidade de multiplexação, custo e complexidade experimental, tornando a escolha do método altamente dependente da questão biológica em estudo.
Métodos
As técnicas de marcação por isótopos estáveis incluem SILAC (marcação metabólica em cultura celular), TMT e iTRAQ (marcadores isobáricos para quantificação relativa e absoluta) e marcação por dimetila. Estes introduzem deslocamentos de massa definidos que o espectrômetro de massas pode distinguir, permitindo análise multiplexada de até 16 amostras em uma única corrida. A quantificação livre de marcadores usa o número de espectros identificados (contagem espectral) ou a área do cromatograma de íons extraído de cada peptídeo (intensidade MS1). Métodos de aquisição independente de dados (DIA), como SWATH-MS, combinam cobertura profunda do proteoma com precisão quantitativa em grandes coortes de amostras.
Aplicações
A proteômica quantitativa é amplamente aplicada na descoberta de biomarcadores, comparando níveis de proteínas entre tecidos saudáveis e doentes para identificar assinaturas diagnósticas ou prognósticas. No desenvolvimento de medicamentos, ela profile o engajamento do alvo e efeitos fora do alvo. A integração de dados quantitativos com validação por ELISA e Western blot garante robustez. Métodos como quantificação baseada em espectrometria de massas complementam abordagens tradicionais baseadas em gel como SDS-PAGE, fornecendo cobertura mais profunda e maior rendimento.
