淀粉样蛋白、内源性色素和矿物质沉积物的组织化学染色可识别组织切片中的这些物质，以进行特异性诊断。
碳水化合物和粘蛋白染色可检测组织切片中的糖原、糖蛋白、蛋白聚糖和粘蛋白，用于诊断组织化学。
结缔组织对胶原蛋白、弹性纤维、肌肉和纤维蛋白进行不同颜色的染色，以评估纤维化、血管疾病和组织损伤。
苏木精和伊红是标准组织染色剂；其化学成分和配方决定了核细节和细胞质对比度。
微生物的组织化学染色可以使福尔马林固定的组织切片中的细菌、真菌、分枝杆菌和寄生虫可视化。
自动化组织处理机通过程序化的试剂交换循环，对固定组织进行脱水、清洁和石蜡渗透。
脱钙可去除矿化组织中的钙，以便进行切片，使用必须保持形态和抗原性的酸或螯合剂。
包埋将组织定向在石蜡块中进行切片，而生物库则保存组织和石蜡块以供将来的研究和分子分析。
固定通过稳定蛋白质和防止自溶来保留组织形态，固定剂的选择决定下游染色的成功。
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