Culture Fongique

Les champignons (levures et moisissures) sont des causes importantes de maladies humaines, d’altération des aliments et de contamination environnementale. Leur culture nécessite des milieux spécifiques et des conditions d’incubation.

La gélose Sabouraud dextrose (SDA) est le milieu standard pour l’isolement fongique. Elle a un pH bas (5,6) qui inhibe la croissance bactérienne. Du chloramphénicol ou de la gentamicine est souvent ajouté pour supprimer la contamination bactérienne résiduelle. La gélose inhibitrice pour moisissures (IMA) est une alternative pour les échantillons cliniques.

L’incubation se fait à 25–30 °C pour les champignons environnementaux et à 35–37 °C pour les champignons pathogènes. Les boîtes sont conservées jusqu’à 4 semaines avant d’être déclarées négatives (les moisissures poussent lentement). Les levures se développent généralement en 24–48 heures.

L’identification est basée sur :

• La morphologie des colonies : texture (poudreuse, cotonneuse, veloutée), pigment, vitesse de croissance, couleur au revers.
• La morphologie microscopique : type d’hyphe (septé vs. non septé), structure du conidiophore, forme et disposition des spores. Le montage au bleu de coton lactophénol (LPCB) est la préparation standard pour visualiser les structures fongiques à partir d’une colonie.
• Les tests biochimiques pour les levures : assimilation des sources de carbone (API 20C AUX, VITEK YST), test du tube germinatif (Candida albicans est positive).

Culture des levures : la plupart des levures poussent sur les milieux bactériologiques standard (gélose au sang, gélose chocolat) ainsi que sur la SDA. Le test du tube germinatif pour C. albicans consiste à incuber une colonie dans du sérum à 37 °C pendant 2–4 heures et à vérifier la présence de prolongements hyphaux au microscope.

Culture Anaérobie

Les bactéries anaérobies (Clostridium, Bacteroides, Fusobacterium, Peptostreptococcus) sont tuées ou inhibées par l’oxygène. Leur culture nécessite des conditions sans oxygène tout au long de la manipulation et de l’incubation.

Collecte du spécimen : obtenez le spécimen de manière anaérobie (aspiration à la seringue, écouvillon dans un milieu de transport anaérobie). Évitez d’exposer l’échantillon à l’air. Transportez au laboratoire dans les 30 minutes.

Milieux anaérobies :

• Milieux PRAS (Pre-Reduced Anaerobically Sterilized) : bouillis et stockés dans un gaz sans oxygène (N₂, CO₂, H₂).
• Gélose au sang Brucella avec hémine et vitamine K.
• Gélose à l’alcool phényléthylique : supprime les anaérobies facultatifs.
• Gélose au sang laked kanamycine-vancomycine : sélective pour Bacteroides et autres anaérobies Gram-négatif.

Incubation anaérobie :

• Jarre anaérobie : un récipient scellé avec une enveloppe génératrice de gaz qui produit H₂ et CO₂. Des billes de catalyseur au palladium catalysent la réaction de H₂ avec l’O₂ résiduel pour former de l’eau. Une bande indicatrice (résazurine) devient incolore lorsque les conditions anaérobies sont atteintes.
• Chambre anaérobie : une boîte à gants scellée avec une atmosphère de 85 % N₂, 10 % H₂, 5 % CO₂. Un catalyseur au palladium élimine l’oxygène résiduel. Permet une manipulation continue sans exposer les cultures à l’air.
• Système GasPak : un système d’enveloppe jetable autonome pour de petites quantités de boîtes.

L’incubation se fait à 37 °C pendant au moins 48 heures. Les anaérobies se développent généralement plus lentement que les aérobies.