Aspergillus oryzae, connu sous le nom de moisissure koji, est le champignon le plus important dans les fermentations alimentaires d’Asie de l’Est. Il est utilisé pour produire du koji, une culture de départ pour la sauce soja, le miso, le saké et le mirin. A. oryzae est cultivé sur du riz, de l’orge ou du soja cuits à la vapeur, où il sécrète de puissantes enzymes hydrolytiques, notamment des alpha-amylases, des glucoamylases, des protéases (acides et alcalines) et des lipases. Ces enzymes décomposent les amidons en sucres fermentescibles et les protéines en acides aminés et peptides, qui sont ensuite utilisés par la levure et les LAB lors des étapes de fermentation ultérieures. A. oryzae est généralement reconnu comme étant sûr malgré sa relation génétique étroite avec l’aflatoxigène A. flavus.
Le tempeh est un produit de soja fermenté originaire d’Indonésie, produit par fermentation à l’état solide avec Rhizopus microsporus var. oligosporus (anciennement R. oligosporus). Le champignon se développe sous la forme d’un tapis mycélien dense qui lie les graines de soja cuites en un gâteau compact. Pendant la fermentation, Rhizopus produit des lipases qui hydrolysent les lipides du soja en acides gras libres, ainsi que des phytases qui réduisent la teneur en acide phytique, améliorant ainsi la biodisponibilité des minéraux. Le mycélium produit également une douce saveur de noisette et une texture ferme et tranchable. Le tempeh est une source complète de protéines et une source importante de vitamine B12 lorsque la fermentation est réalisée par certaines bactéries en plus des moisissures.
Penicillium roqueforti est utilisé dans la production de fromages à pâte bleue tels que le Roquefort, le Gorgonzola, le Stilton et le Bleu danois. La moisissure est ajoutée au lait ou au caillé et se développe dans toute la matrice du fromage pendant l’affinage. Des aiguilles ou des fils sont insérés pour créer des canaux d’oxygène, permettant au P. roqueforti aérobie obligatoire de sporuler et de développer la couleur bleu-vert caractéristique. La moisissure produit des lipases qui libèrent des acides gras libres et des méthylcétones (en particulier la 2-heptanone), contribuant à la saveur piquante. P. camemberti, utilisé pour le camembert et le brie, produit une surface blanche et veloutée et sécrète des protéases qui adoucissent la texture du fromage de l’extérieur vers l’intérieur.
Les considérations de sécurité dans les fermentations de moisissures se concentrent sur la production de mycotoxines. Bien que les espèces utilisées dans les fermentations alimentaires soient généralement considérées comme sûres, une sélection minutieuse des souches et un contrôle qualité sont essentiels pour prévenir la contamination par des souches toxinogènes. Les souches non toxigènes d’A. oryzae utilisées dans la production de koji ne possèdent pas les gènes nécessaires à la biosynthèse de l’aflatoxine. De même, P. roqueforti produit la mycotoxine roquefortine C et la toxine PR, mais celles-ci sont présentes à de très faibles concentrations dans le fromage et sont largement dégradées au cours de l’affinage. Les programmes de surveillance des mycotoxines dans les matières premières et les produits finis sont une pratique courante dans les industries de fermentation de moisissures. Les produits fermentés par des moisissures impliquent souvent une succession de bactéries lactiques suivie d’une croissance fongique. La Fermentation de levure peut précéder la croissance de moisissures dans certains processus. La production de mycotoxines par certaines moisissures nécessite une surveillance attentive par analyse des mycotoxines.
