Le norovirus est la principale cause de gastro-entérite aiguë dans le monde, responsable d’environ 50 % de toutes les épidémies d’origine alimentaire. Il est hautement infectieux, avec une dose infectieuse aussi faible que 10 à 100 particules virales. La transmission se fait par voie fécale-orale, par des aliments contaminés (en particulier des crustacés provenant d’eaux polluées, des produits frais et des aliments prêts à consommer manipulés par des travailleurs infectés), par contact de personne à personne et par des surfaces contaminées. La période d’incubation est de 12 à 48 heures, avec des symptômes de vomissements, de diarrhée, de nausées et de crampes abdominales durant de 24 à 72 heures. L’immunité est de courte durée et la réinfection par différents génotypes est courante.
Le virus de l’hépatite A (VHA) provoque une inflammation du foie avec une période d’incubation beaucoup plus longue de 15 à 50 jours (28 jours en moyenne). Les symptômes comprennent la jaunisse, les urines foncées, la fièvre, la fatigue et les douleurs abdominales. Contrairement au norovirus, l’infection par l’hépatite A confère une immunité à vie. Le VHA se transmet par des aliments et de l’eau contaminés, avec des épidémies liées aux baies congelées, aux oignons verts, aux arilles de grenade et aux crustacés bivalves. Un vaccin est disponible et est recommandé aux voyageurs se rendant dans les zones d’endémie et aux manipulateurs d’aliments dans certaines juridictions.
La détection des virus entériques dans les aliments repose sur la PCR quantitative à transcription inverse (RT-qPCR). Pour les norovirus et le VHA dans les coquillages, la méthode standard ISO 15216 spécifie l’extraction du virus du tissu digestif suivie d’une RT-qPCR. La détection dans les produits et l’eau utilise la précipitation du polyéthylène glycol ou l’ultrafiltration pour la concentration. L’interprétation des résultats positifs doit tenir compte de l’incapacité de la RT-qPCR à distinguer les virus infectieux des virus non infectieux. Des méthodes alternatives telles que la PCR de viabilité (utilisant des colorants intercalaires comme le PMAxx) et la culture cellulaire (pour le VHA, utilisant des cellules FRhK-4) peuvent évaluer l’infectiosité.
La prévention repose sur une hygiène stricte des mains (les désinfectants à base d’alcool sont moins efficaces contre les norovirus ; le lavage des mains à l’eau et au savon est essentiel), l’exclusion des personnes manipulant des aliments malades pendant au moins 48 heures après la résolution des symptômes, une cuisson approfondie des crustacés (température interne > 90 °C pendant 90 secondes) et l’assainissement des surfaces en contact avec les aliments avec des désinfectants à base de chlore. La vaccination contre le VHA des personnes manipulant des aliments est recommandée dans certains pays. Une meilleure gestion de la qualité de l’eau et une surveillance des virus dans les zones conchylicoles sont essentielles à la prévention primaire. Les agents pathogènes viraux provoquent une infection alimentaire plutôt qu’une intoxication. Contrairement aux agents pathogènes bactériens tels que Salmonella, les virus ne se reproduisent pas dans les aliments. La prévention repose sur l’hygiène des mains et les contrôles basés sur HACCP.
