Les levures et les moisissures sont des organismes de détérioration importants dans les aliments où la compétition bactérienne est limitée, généralement en raison d’un pH faible, d’une faible activité de l’eau (aw), d’une basse température ou de la présence de conservateurs. Zygosaccharomyces est le genre de levure d’altération le plus important en raison de son extrême osmotolérance et de sa résistance aux conservateurs acides faibles. Z. bailii et Z. rouxii peuvent croître à une aw aussi basse que 0,62 et tolérer des concentrations d’acide sorbique, d’acide benzoïque et d’acide acétique qui inhibent la plupart des autres levures. Ils altèrent les concentrés de jus de fruits, les sauces, les vinaigrettes, le vin et les fruits secs.
Debaryomyces hansenii est halotolérant et peut croître à une aw de 0,83, provoquant fréquemment la détérioration des viandes salées et salées, des fromages et des légumes en saumure. Les espèces de Candida (C. parapsilosis, C. zeylanoides) sont également des agents d’altération courants, en particulier dans les produits laitiers. La détérioration de la levure se manifeste par une croissance superficielle (granulés, films ou turbidité dans les liquides), une production de CO₂ (emballages gonflés), des arômes désagréables (estérique, levuré, rassis) et des changements de pH. La détection implique l’étalement sur une gélose à l’extrait de malt ou sur une gélose à l’extrait de levure de glucose et d’oxytétracycline (OGYE) avec incubation à 25 °C.
La détérioration des aliments par les moisissures est principalement causée par les espèces d’Aspergillus, Penicillium et Fusarium. Aspergillus flavus et A. parasiticus produisent des aflatoxines (B₁, B₂, G₁, G₂), qui sont de puissants hépatocarcinogènes. A. ochraceus produit de l’ochratoxine A, une néphrotoxine présente dans les céréales, le café et le vin. Penicillium expansum est la principale cause de la pourriture bleue des pommes et produit de la patuline, une mycotoxine réglementée dans les produits à base de jus de pomme. Les espèces de Fusarium (F. graminearum, F. verticillioides) produisent du déoxynivalénol (DON), des fumonisines et de la zéaralénone dans les grains de céréales.
Le contrôle de l’altération fongique repose sur de multiples obstacles, notamment la réduction de l’activité de l’eau (séchage, ajout d’humectants), l’ajustement du pH, l’utilisation de conservateurs acides faibles (acides sorbique, benzoïque, propionique) et le conditionnement sous atmosphère modifiée (faible O₂, CO₂ élevé). Le concept de technologie des obstacles met l’accent sur l’effet synergique de la combinaison de plusieurs stress sublétaux. Pour la prévention des mycotoxines, le contrôle de la croissance fongique au champ (bonnes pratiques agricoles, application de fongicides, cultivars résistants) et pendant le stockage (température, contrôle de l’humidité) est essentiel. Les tests de mycotoxines par HPLC, LC-MS/MS ou ELISA sont utilisés par les transformateurs alimentaires pour la vérification des matières premières et des produits finis. La détérioration fongique est distincte de la altération microbienne et peut entraîner la production de mycotoxines. Certaines moisissures d’altération sont liées à celles utilisées dans les [fermentations de moisissures] bénéfiques (/guides/mold-fermentations.html). Les stratégies de contrôle comprennent la réduction de l’activité de l’eau par le séchage.
