Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires constitués de matériel génétique (ADN ou ARN) enfermé dans une capside protéique, parfois entourée d’une enveloppe lipidique. Ils ne sont pas considérés comme des organismes vivants car ils ne peuvent pas se répliquer ou effectuer des processus métaboliques en dehors d’une cellule hôte.
Structure virale de base
Le génome viral peut être soit de l’ADN, soit de l’ARN, simple brin ou double brin, linéaire ou circulaire, segmenté ou non segmenté ; les génomes viraux sont nettement plus petits que les génomes cellulaires, généralement de 3 à 200 kb. La capside est une enveloppe protéique composée de sous-unités répétitives appelées capsomères qui protègent le génome viral, et les capsides présentent une symétrie icosaédrique, hélicoïdale ou complexe. L’enveloppe est une bicouche lipidique dérivée de la membrane de la cellule hôte, parsemée de glycoprotéines virales (pointes) qui assurent la fixation et l’entrée de la cellule hôte. Les protéines matricielles se trouvent dans les virus enveloppés entre la capside et l’enveloppe, assurant ainsi l’intégrité structurelle.
Symétrie de la capside
La symétrie icosaédrique comporte vingt faces triangulaires formant une coque sphérique, comme on le voit dans l’adénovirus, l’herpèsvirus et le poliovirus, avec des nombres de capsomères variables (par exemple, 252 dans l’adénovirus). La symétrie hélicoïdale présente des capsomères disposés en hélice autour du génome, formant une structure en forme de bâtonnet ou filamenteuse, comme on le voit dans le virus de la mosaïque du tabac, le virus de la rage et le virus Ebola. La symétrie complexe décrit des virus comme les poxvirus et les bactériophages qui ne correspondent pas à une simple symétrie icosaédrique ou hélicoïdale, contenant souvent des structures spécialisées telles que des queues et des fibres.
Classification par type de génome
La classification de Baltimore divise les virus en sept groupes en fonction du type de génome et de la stratégie de réplication. Le groupe I comprend les virus à ADNdb (par exemple, l’adénovirus, l’herpèsvirus) ; Le groupe II comprend les virus à ADN simple brin (par exemple, le parvovirus) ; Le groupe III comprend les virus à ARNdb (par exemple, les réovirus) ; Le groupe IV comprend les virus à ARNsb de sens positif (par exemple, coronavirus, poliovirus) ; Le groupe V comprend les virus à ARNsb de sens négatif (par exemple, la grippe, la rage) ; Le groupe VI comprend les rétrovirus ssRNA-RT (par exemple le VIH) ; et le groupe VII comprend les virus ADNdb-RT (par exemple, le virus de l’hépatite B).
Classification taxonomique
Dans la taxonomie virale, l’ordre correspond au rang taxonomique le plus élevé (par exemple, Mononegavirales, Herpesvirales). Les noms de famille se terminent par -viridae (par exemple, Picornaviridae, Coronaviridae, Retroviridae). Les noms de genre se terminent par -virus (par exemple, Enterovirus, Betacoronavirus, Lentivirus). Une espèce est définie comme un groupe monophylétique de virus partageant des propriétés biologiques et génomiques communes.
Morphologie virale
Les virus nus (non enveloppés) ont leur capside directement exposée, ce qui les rend résistants au séchage, aux acides et aux détergents, et ils sont généralement transmis par voie fécale-orale et par des vecteurs passifs. Les virus enveloppés sont plus sensibles aux conditions environnementales, à la chaleur et aux désinfectants, et se transmettent généralement par contact direct, par le sang ou par des gouttelettes respiratoires.
